濾材是過濾器的核心，種類也很多種，下面介紹幾種常用的主流濾材。其他的非主流濾材倒不是說不好，而是下面幾種就可以適用絕大多數的情況了。
白棉
白棉顧名思義是白色的，主要的功能是物理過濾，阻擋水中的排泄物和其他雜質。它的材質用久了會有點爛爛的，屬於耗材，髒了不需清洗直接換掉。
必要性：★★★★★
生化棉
較常見的為黑色、藍色，也有綠色、棕色，不像白綿會分解，它可以長期使用、清洗後重複使用。生化棉有龐大的表面積，提供大量硝化菌等益菌附著、成長，所以是一種生物過濾。當用久的生化棉漸漸堵塞，表面積也隨之下降，會影響過濾效能，所以應該定期清洗。但要注意，務必用『原缸』的水來清洗，才能避免硝化菌大量死亡。
必要性：★★★★★
